Le séquençage du génome entier et l’analyse épidémiologique ne permettent pas de démontrer la transmission croisée de Mycobacterium abcessus dans une cohorte de patients atteints de fibrose kystique pédiatrique

Contexte Mycobacterium abcessus est devenu un agent pathogène majeur chez les patients fibro-kystiques atteints de mucoviscidose et a été associé à des résultats cliniques médiocres, en particulier après transplantation pulmonaire. Nous avons étudié l’acquisition de cette bactérie dans une cohorte de patients atteints de mucoviscidose. liens épidémiologiques entre les patients porteurs de souches génétiquement apparentées de M abscessus préalablement typés par répétition en tandem à nombre variable Le séquençage complet du génome a été appliqué à des isolats d’abcès M chez les patients de cette cohorte afin de fournir des données définitives sur la parenté génétique des souches. -les données de séquençage du génome ont démontré que les isolats de M abscessus provenant de patients n’étaient pas apparentés, différant d’au moins un polymorphisme mononucléotidique de tout autre isolat, ce qui suggère que des événements d’acquisition indépendants sont survenus Seuls des groupes de très proches & lt; Des isolats de SNPs provenant de différents patients ont été observés Le premier groupe contenait des isolats, différant d’un maximum de SNP, provenant d’une fratrie ayant eu une exposition intense à l’intérieur et à l’extérieur de l’hôpital Le second groupe contenait des isolats différant par un maximum de SNP, provenant d’individus sans liens épidémiologiques apparentsConclusions Nous n’avons pas démontré de transmission croisée de M abcès au sein de notre hôpital, sauf entre frères et sœurs. Les voies alternatives d’acquisition de l’infection par l’abcès M, en particulier l’environnement, nécessitent une étude plus approfondie

Mycobacterium abscessus, fibrose kystique, transmission croisée, séquençage du génome entier, VNTRMycobacterium abscessus est devenu un agent pathogène majeur chez les patients mucoviscidosiques atteints de mucoviscidose et a été associé à de mauvais résultats cliniques, en particulier après une transplantation pulmonaire Mycobacterium abscessus classes d’antibiotiques La résistance aux macrolides est soit due à des mutations dans le gène rrl soit à la présence d’un gène inductible ARNm méthylase, erm Mycobacterium abscessus est une espèce unique qui englobe les sous-espèces M abscessus abscessus subsp massiliense , et M abscessus subsp bolletii Ces sous-espèces ont été associées à des résultats cliniques variables [, -] Une identification précise peut généralement être réalisée en séquençant plusieurs cibles génétiques Le profilage VNTR à répétition en tandem peut en outre différencier les isolats et , lorsqu’il est appliqué à notre cohorte, a montré que la majorité des patients infectés Le séquençage du génome entier peut fournir des données plus définitives sur la parenté des isolats Plusieurs publications ont rapporté des séquences du génome entier à partir d’un seul isolat de complexe d’abcès M ou de plusieurs isolats d’un seul patient des séquences génomiques d’isolats de M abcessus subsp massiliense provenant d’une cohorte d’adultes atteints de mucoviscidose ont fourni la première preuve de la propagation d’un patient à un autre Nous décrivons la dynamique de l’acquisition de M abcès dans une cohorte de patients pédiatriques atteints de mucoviscidose. et des données cliniques pour découvrir des preuves d’événements de transmission croisée et de séquençage du génome entier pour établir la résolution du schéma de typage VNTR précédemment publié. Finalement, cela conduira à une meilleure compréhension de l’impact de souches particulières sur les résultats cliniques, en particulier

MATÉRIAUX ET MÉTHODES

Patients et collecte de données microbiologiques

Great Ormond Street Hospital est un grand centre régional de référence pour les patients pédiatriques atteints de mucoviscidose, y compris les patients pour lesquels l’hôpital est leur principale clinique de FK et les patients d’autres centres en cours d’évaluation et de transplantation pulmonaire. les services de santé subissent régulièrement des examens diagnostiques microbiologiques respiratoires, y compris la coloration spécifique et la culture des mycobactéries à la fois sur des expectorations et des échantillons de lavage broncho-alvéolaire qui sont effectués au moins une fois par an

tfordshire ABS Unique F pPhedel / pPhédel probable / Y Naïf Centre d’étude Essex MAS VNTR III F pPhédèle / pPhédèle probable / Y déjà infecté Midlands West Midlands Ouest MAS VNTR III F pPhédèle / pPhédèle probable / Y Naïf Centre d’étude South Midlands et Hertfordshire MAS Unique F pGlyAsp / cdelA probable / Y déjà infecté Pays de Galles du Sud Pays de Galles MAS Unique F pPhédèle / pPhédèle Probable Y Déjà infecté Midlands West Midlands Est BOL Unique F pPhédèle / pPhédèle Probable / Y Déjà infecté Londres autre Nord-Nord et Centre-Nord Londres Sous-espèce Patiente VNTR Cluster Sexe CF Génotype Diagnostic clinique de l’infection NTM Proportion de crachats / BAL AAFB Positif Nombre de PositiveM abscessus Cultures M spécifiques Abcès Traitement antimicrobien donné Âge au premier M Abcès Isolé, y ans Entre le premier M Abcès Isoler et Contact avec le Centre d’étude État d’infection au premier contact avec GOSH Mai n Centre de soins des FC / Centre principal des FC Résidence au Royaume-Uni HPU ABS VNTR I F pPhédel / pPhédel Probable / Y Déjà infecté Sud de l’Angleterre Surrey et Sussex ABS VNTR I M pPhédel / pPhédel Probable / Y Naive Centre d’étude South Midlands et Hertfordshire ABS VNTR I F pPhedel / pTrpX Probable / Y déjà infecté London autre / centre d’étude nord-ouest de Londres ABS VNTR I M pPhedel / pPhedel probable / Y Naive centre d’étude South Midlands et Hertfordshire ABS VNTR I M pPhedel / pPhedel probable / Y Naive centre d’étude South Midlands et Hertfordshire ABS VNTR II F pPhédèle / pPhédèle probable / Y déjà infectée Nord de l’Angleterre Cumbria et Lancashire ABS VNTR II M pPhédèle / pGlyAsp Probable / Y Naïf Centre d’étude Nord-ouest de Londres ABS VNTR II F pPhédèle / pPhédèle probable / Y Naïf Centre d’étude Nord-Ouest de Londres ABS VNTR II F Delta F / I / Delta F / I Probable / Y Naïf Centre d’étude N orthwest London ABS Unique F cG> A / pTyrX Probable / Y Naïf Centre d’étude Nord-est et centre-nord de Londres ABS Unique F pPhédel / c-G → A Naïf / N Naïf Centre d’étude Anglia ABS Unique M pPhédèle / pPhédèle Improbable / Non Étude naïve Centre sud-est de Londres ABS Unique F Royaume-Uni Probable / Y Déjà infecté Londres autre South Midlands et Hertfordshire ABS Unique F pPhédèle / pPhédèle probable / Y Naïf Centre d’étude South Midlands et Hertfordshire ABS Unique F pPhédèle / pPhédèle probable / Y Naïf Centre d’études Essex MAS VNTR III F pPhedel / pPhédel probable / Y déjà infecté Midlands West Midlands Ouest MAS VNTR III F pPhédèle / pPhédèle probable / Y Naïf Centre d’étude South Midlands et Hertfordshire MAS Unique F pGlyAsp / cdelA Probable / Y déjà infecté Pays de Galles du Sud Pays de Galles MAS Unique F pPhédèle / pPhédèle Probablement Y déjà infecté Midla Autres West Midlands East BOL Unique F pPhedel / pPhédel Probable / Y Déjà infecté Londres autre Northeast et North-Central London Diagnostic clinique et radiologique d’une infection probable aux MNT avec la décision du clinicien de traiter avec des antibiotiques à long terme considérés comme actifs contre l’abcès enregistrementsAbbreviations: AAFB, bacilles acido-alcoolo-alcoolo-résistants; ABS, Mycobacterium abscessus subsp abcès; BAL, lavage broncho-alvéolaire; BOL, Mycobacterium abscessus subsp bolletii; CF, fibrose kystique; GOSH, Hôpital Great Ormond Street; HPU, Unité de protection de la santé; MAS, Mycobacterium abscessus subsp massiliense; NTM, mycobactéries non tuberculeuses; VNTR, nombre variable en tandem repeatView LargeLes données de localisation du patient et du patient ont été extraites du système d’administration des patients et des données microbiologiques du système de gestion des informations de laboratoire à l’aide de bases de données SQL structurées et de feuilles de calcul Excel. Les sources d’information additionnelles comprenaient des bases de données sur les FC et les transplantations. La revue des cas cliniques a été utilisée pour vérifier l’emplacement, les données d’admission et les preuves cliniques / radiologiques de l’infection mycobactérienne non tuberculeuse à l’aide de données cliniques. Lignes directrices consensuelles de la American Thoracic Society Toutes les enquêtes ont été effectuées conformément aux politiques et procédures de gouvernance en recherche de l’hôpital. Nous avons demandé et obtenu un consentement éclairé spécifique dans les cas où les patients avaient déménagé de notre centre vers un centre Pour la première fois après le contact initial avec l’hôpital, tous les épisodes d’hospitalisation ambulatoire et hospitalière et les lits-jours cumulatifs ont été capturés jusqu’à la date de leur culture initiale avec M abcès. L’exposition de ces patients naïfs d’abcès a été définie comme étant en même temps et au même endroit qu’un autre patient connu pour être infecté par M abcessus A titre de comparaison, des données démographiques de base ont été recueillies sur tous les patients ayant isolé Pseudomonas aeruginosa pour la première fois après un premier contact avec notre hôpital. été collecté prospectivement et stocké sur une base de données depuis Le projet a été enregistré comme une évaluation de service

L’analyse des données

Des graphiques et des analyses statistiques appropriées ont été générés à l’aide de la version du logiciel GraphPad Prism. Le Département d’épidémiologie pédiatrique et de biostatistique de l’Institut de la santé infantile a fourni des conseils sur l’analyse statistique des données épidémiologiques d’exposition. Test U pour les données non appariées et tests signés Wilcoxon pour les données appariées

Séquençage du génome entier

Vingt-sept M isolats d’abcès provenant de patients atteints de mucoviscidose chez des patients CF hospitalisés entre janvier et décembre ont été analysés par séquençage du génome entier. Tous les isolats avaient été identifiés au niveau de la sous-espèce par séquençage des gènes hsp et rpoB et typé par profilage VNTR L’ADN a été extrait des isolats comme décrit précédemment , et la concentration a été déterminée à l’aide d’un kit d’analyse Qubit HS. Life Technologies Deux cent cinquante nanogrammes d’ADN ont été cisaillés sur le cycle de service Covaris S,%; intensité, ; cycles par rafale,; temps, quelques secondes avant la préparation de la bibliothèque avec le kit de mélange de préparation NEBext DNA Library pour Illumina New England Biolabs combiné avec des cycles d’amplification en chaîne par polymérase avec des adaptateurs multiplexes Lors de la préparation de la bibliothèque, les bibliothèques ont été sélectionnées en utilisant les billes Ampure XP. ont été quantifiés en utilisant le test ADN Qubit HS, et l’absence d’adaptateur-dimère a été confirmée en utilisant les bibliothèques Agilent Bio DNA Chip Agilent ont été regroupées de manière équimolaire, et pM a été chargé sur un Illumina MiSeq pour subir un séquençage bp pairée avec v chimie Les lectures courtes de ces études sont déposés dans les archives à lecture courte de l’European Nucleotide Archive dans le projet PRJEB

Analyse de données de séquence

L’analyse phylogénétique du génome entier a été réalisée en utilisant les données de séquence de cette étude et des isolats de M abscessus de patients adultes décrits dans l’étude de Bryant et al , déposés dans l’European Nucleotide Archive sous le numéro d’accession ERP. le numéro d’accès ATCC de référence CU utilisant BWA-MEM a et les paramètres par défaut La sortie de la carte d’alignement de séquences de BWA a été triée et indexée pour produire une carte d’alignement binaire BAM en utilisant Samtools Genome Analysis Toolkit format d’appel variant Fichier VCF pour chaque isolat séquencé utilisant les fichiers BAM comme entrée et spécifiant le mode diploïde lors de l’appel des variants Les variants dans les fichiers VCF ont été analysés pour conserver les SNP de polymorphismes mononucléotidiques de haute qualité dans les conditions suivantes: DP profondeur ≥, AD rapport de ratio entre la base de la variante et les bases alternatives ≥, MQ qualité de la cartographie score ≥, rapport du nombre de lectures avec MQ qualité de la cartographie au total engourdi er des lectures ≤, et distance au SNP le plus proche & gt; Toutes les positions qui remplissaient ces critères dans & gt; des échantillons ont été joints pour produire un fichier au format fasta multiple où la séquence pour chaque souche est constituée des variants concaténés Ce fichier a été utilisé comme entrée pour générer un arbre de maximum de vraisemblance en utilisant RAxML avec les paramètres suivants: -m substitutionModèle GTRCAT, -b bootstrapRandomNumberSeed, – # NumberOfRuns, -c NumberOfCategories Types de séquences multilocus Les MLST ont été identifiées en mappant les lectures sur toutes les variantes d’allèles d’abscès M conservées dans la base de données MLST de l’Institut Pasteur http: // wwwpasteurfr / recherche / genopole / PF / mlst / en utilisant un L’analyse de la résistance aux antibiotiques a été réalisée en recherchant des SNPs précédemment identifiés comme responsables de mutations de résistance dans la séquence codante de rrl et à la fois la séquence codante et la région régulatrice amont -bp de erm Trimmed lit ont été cartographiés sur les séquences du gène rrl et erm à partir de la séquence du génome de la souche ATCC de M abcessus en utilisant la version Bowtie http: // bowtie-biosourceforgenet / bowtie / indexshtml Le fichier BAM résultant a été converti en format pileup en utilisant samtools et la sortie analysée pour déterminer la base nucléotidique aux emplacements de résistance aux médicaments connus. Pour générer un arbre phylogénétique basé sur les gènes rrl et erm, le format pileup a été converti pour former une séquence consensus pour chaque échantillon, aligné en utilisant muscle , et un arbre de vraisemblance maximale a été créé en utilisant FastTree

RÉSULTATS

Caractéristiques cliniques et microbiologiques des patients atteints de mucoviscidose infectés par M abcessus

Chez les patients pour lesquels M abcessus a été isolé pour la première fois, un certain nombre d’observations ont été observées par rapport à une cohorte plus grande de patients atteints de mucoviscidose N-négatifs qui ont acquis P aeruginosa pour la première fois après un contact avec l’hôpital. M abscessus acquis étaient significativement plus âgés P =, Mann-Whitney U test; Figure L’âge médian pour l’acquisition de P aeruginosa était des années comparées à un âge médian de première acquisition de M abscès des années P =, test de Wilcoxon-rank-rank; La différence d’âge médiane entre les années séparant le premier isolement de P aeruginosa et le premier isolement de l’abcès M était de quatre ans. Dans l’ensemble, dans ce centre de référence régional unique, l’infection par P. aeruginosa précède toujours l’infection par l’abcès. se produit dans les premières années de l’adolescence

Figure Vue largeDownload slide Comparaison de l’âge d’acquisition de Pseudomonas aeruginosa et Mycobacterium abscessus dans la cohorte de patients atteints de fibrose kystique pédiatrique A, Âge à la première acquisition de P aeruginosa chez M patients abscessus négatifs n = vs âge d’acquisition de M abcès P & lt; , Mann-Whitney U test B, âge d’acquisition de P aeruginosa vs acquisition de M abcès chez tous les patients ayant acquis M abscès après le premier contact avec l’hôpital P =, test de Wilcoxon signé C-grade, temps en années après le premier contact avec l’hôpital et première acquisition de P aeruginosa vs acquisition de M abscessus n =; Comparaison de l’âge d’acquisition de Pseudomonas aeruginosa et de Mycobacterium abscessus dans la cohorte de patients atteints de fibrose kystique pédiatrique A, âge à la première acquisition de P aeruginosa chez M patients ayant un abcès négatif n = vs âge d’acquisition de M abcès P & lt; , Mann-Whitney U test B, âge d’acquisition de P aeruginosa vs acquisition de M abcès chez tous les patients ayant acquis M abscès après le premier contact avec l’hôpital P =, test de Wilcoxon signé C-grade, temps en années après le premier contact avec l’hôpital et première acquisition de P aeruginosa vs acquisition de M abscessus n =; P =, Test de Wilcoxon test de rangMycobacterium abscessus regroupés par VNTR profil VNTR I, VNTR II, ou VNTR III ou avait des profils VNTR uniques Parmi les patients qui ont acquis M abscès pour la première fois lors du contact avec notre hôpital, acquis M abscessus subsp abscessus Après avoir consulté des collègues experts en statistique, nous avons conclu qu’il n’y avait pas de nombres suffisants dans chaque groupe de résultats défini par VNTR pour effectuer des comparaisons statistiquement robustes basées sur des résultats de VNTR I, VNTR II et VNTR. sur des comparaisons multiples de l’exposition aux environnements de salle ou parmi les patients Malgré le nombre relativement faible d’événements d’acquisition définis, nous avons été en mesure de faire un certain nombre d’observations

Contact de patient à patient de patients atteints de mucoviscidose infectés par M abscessus

Nous avons analysé la force d’exposition des patients ayant acquis M abscessus après exposition à d’autres patients présentant un abcès M de toute sous-espèce et profil VNTR Premièrement, prenant les patients n = ayant acquis des souches VNTR I, il y avait une exposition minimale aux patients déjà infectés par un VNTR En revanche, les patients qui ont acquis des souches VNTR I ont été exposés à plusieurs reprises en tant que patients hospitalisés et ambulatoires à d’autres patients déjà infectés par des souches VNTR II et des souches avec des profils VNTR uniques. D Lorsque les patients ont acquis des souches VNTR II n =, il y a eu une exposition plus intense chez les patients avec des souches VNTR II en particulier, entre les patients et en ambulatoire et en hospitalisation que chez les patients avec des souches VNTR I; Figure B et E Les patients ayant acquis des souches ayant un profil VNTR unique ont également été exposés à plusieurs reprises, en ambulatoire et en milieu hospitalier, à des patients infectés. avec des souches avec différents profils VNTR, y compris les souches VNTR I et VNTR II Figure C et F

Figure Vue grandDownload slideExposition des patients qui ont d’abord acquis Mycobacterium abcessus après contact avec notre centre à d’autres patients infectés par M abscessus Exposition des patients ayant acquis M abscessus subsp abscessus MA répétition en tandem à nombre variable VNTR I n =; A et D, MA VNTR II n =; C et E, et MA VNTR souches uniques n =; C et F à d’autres patients déjà infectés avec MA VNTR I, VNTR II, VNTR unique, et M abcessus subsp massiliense souches A-C, Nombre total de jours-lit dans le même quartier en même temps que chaque patient était avec d’autres M patients infectés par l’abcès C-E, Nombre total d’épisodes ambulatoires où les patients étaient avec d’autres patients M abcèsus Abréviation: OPD, service de consultation externeFigure Voir grandDownload slideExposition des patients qui ont d’abord acquis Mycobacterium abcessus après contact avec notre centre à d’autres M patients Exposition de patients ayant acquis M abscessus subsp abscessus MA répétition en tandem à nombre variable VNTR I n =; A et D, MA VNTR II n =; C et E, et MA VNTR souches uniques n =; C et F à d’autres patients déjà infectés avec MA VNTR I, VNTR II, VNTR unique, et M abcessus subsp massiliense souches A-C, Nombre total de jours-lit dans le même quartier en même temps que chaque patient était avec d’autres M patients infectés par l’abcès C-E, Nombre total d’épisodes ambulatoires où les patients étaient avec d’autres patients infectés par M abscessus Abréviation: OPD, service de consultation externe

Séquençage du génome entier d’isolats de M abscessus

Des séquences du génome entier ont été obtenues à partir d’isolats de M abscessus dans cette étude. Ces séquences et celles de l’étude de Bryant et al ont été traitées pour produire un fichier fasta multiple qui a été utilisé pour générer un arbre. L ‘arbre du maximum de vraisemblance présentait des clades distincts correspondant à la sous – espèce. Vingt isolats de cette étude étaient M abscessus subsp abscessus, étaient abscessus M sous – massifs, et M abscessus subsp bolletii Seize isolats ont été assignés à des clades A autres isolats qui n’étaient pas étroitement groupés avec & gt; isolat n’ont pas été assignés à un clade Figure Deux isolats – et – n’ont pas produit une profondeur de lecture suffisante pour être inclus dans l’arbre du maximum de vraisemblance

Figure Vue largeTélécharger un arbre de maximum de vraisemblance basé sur des polymorphismes mononucléotidiques dans des régions partagées du génome entier d’isolats de Mycobacterium abscessus de cette étude texte bleu foncé et de l’étude décrite par Bryant et al texte noir Trois lignées majeures représentant l’abcès M La barre d’échelle représente le nombre de substitutions par site sur des sites variables. Vue de la vue largeTélécharger une diapositiveArbre de vraisemblance basé sur des polymorphismes mononucléotidiques dans des régions partagées du génome entier d’isolats de Mycobacterium abscessus de cette étude texte bleu foncé et de l’étude décrite par Bryant et al texte noir Trois lignées majeures représentant le M abscessus subsp massiliense, bolletti, et l’abcès sont ombragées en orange, bleu et vert, respectivement bar représente le nombre de substitutions par site sur des sites variables , il y avait des SNP; Au sein du clade, il y avait des SNPs Isolates -, -, -, _a, _b, _c, _d, -, et – différés par les SNP, et le plus petit sous-ensemble de – , -, _a, _b, _c, et _d diffèrent simplement par des SNP Au sein du clade, il y avait des SNP; Au sein du clade, il y avait des SNPs Isolés – et – étaient des SNP différents Les isolats -, -, et _a différaient par SNPs En dehors de ceux-ci, la distance minimale entre n’importe quel isolat de cette étude était la distance minimale entre un isolat de cette étude. et tout autre était SNPs Figure

Vue de la figure LargeDownload slideSubtrees de l’arbre du maximum de vraisemblance dans la figure représentant des vues détaillées des clades où & gt; Les isolats de cette étude ont été regroupés. S’il existe des groupes d’isolats provenant uniquement de l’étude de Bryant et al , ils sont effondrés et affichés sous forme de triangles parce qu’ils ne représentent pas de nouvelles données. l’étude décrite par Bryant et al en noir La barre d’échelle représente le nombre de substitutions par siteFigure View largeDownload slideSubtrees de l’arbre du maximum de vraisemblance dans la figure représentant des vues détaillées des clades où & gt; Les isolats de cette étude ont été regroupés. S’il existe des groupes d’isolats provenant uniquement de l’étude de Bryant et al , ils sont effondrés et affichés sous forme de triangles parce qu’ils ne représentent pas de nouvelles données. l’étude décrite par Bryant et al en noir La barre d’échelle représente le nombre de substitutions par site

MLST et mutations de résistance

Les MLST ont été déduites des séquences du génome entier de tous les isolats dans cette étude. Toutes les souches VNTR étaient de type séquence ST- et tombaient dans la séquence clade Toutes les souches VNTR II étaient ST- et tombaient dans un clade séquence Les souches VNTR III avaient différents types MLST ST- et ST- et est tombé en clade de séquence ou pas de clade Toutes les autres souches avaient un profil VNTR unique et un type MLST et ne tombaient dans aucun tableau de clade séquence

Tableau Données génotypiques pour tous les isolats de Mycobacterium abscessus dans cette étude Isolate Date Sous-espèces isolées Profil VNTR MLST Type Séquence Clade erm Mutation rrl Mutation Prédite Macrolide Résistance Phénotype – Jun ABS Unique ST- TC Aucune Susceptible – Mar ABS Unique Nouvel allèle Aucun aucun Aucun Résistance inductible – Apr ABS Unique Novel ST TC Aucune Sensible – Dec ABS Unique ST- Indisponible aucune Aucune Aucune Résistance inductible – Jun ABS Unique Novel ST Aucune aucune Aucune Résistance inductible – Oct MAS Unique ST- Aucune Trunc- Aucune Sensible – Mai ABS Unique Novel allele Aucune Aucune Aucune Résistance inductible – Jan ABS VNTR I ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Jun ABS Unique Novelle ST Aucune TC Aucune Sensible – Oct ABS VNTR I ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Mai ABS VNTR I ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Nov ABS VNTR I ST-N un Aucun Résistance inductible – Oct ABS VNTR I ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Feb ABS VNTR I ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Jun ABS VNTR II ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Mar ABS VNTR II ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Mar ABS VNTR II ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Jan ABS VNTR II ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Jul ABS VNTR II ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Feb ABS VNTR II ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Jun ABS VNTR II ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Apr MAS Unique ST- Aucune Trunc- Aucune Sensible – Apr MAS VNTR III ST- Trunc- Aucune Susceptible – Fév MAS VNTR III ST- Aucune Trunc- Aucune Susceptible – Nov MAS VNTR III ST- Aucune Trunc- Aucune Susceptible – Jun MAS Unique ST- Non dispablea Trunc- Aucune sensible – Dec BOL Unique Novel ST Aucun Non e Aucune Résistance inductible Isolate Date Isolé Sous-espèce Profil VNTR MLST Type Séquence Clade erm Mutation rrl Mutation Prédite Macrolide Résistance Phénotype – Jun ABS Unique ST- TC Aucun Sensible – Mar ABS Unique Nouvel allèle Aucun aucun Aucun Résistance inductible – Apr ABS Unique Novel ST TC Aucun Sensible – Dec ABS Unique ST- Indisponible non Néant Aucun Résistance inductible – Jun ABS Unique Novel ST Aucune aucune Aucune Résistance inductible – Oct MAS Unique ST- Aucune Trunc- Aucune Sensible – Mai ABS Unique Nouvel allèle Rien Rien Rien Résistance inductible – Jan ABS VNTR I ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Jun ABS Unique Novel ST Aucune TC Aucune Sensible – Oct ABS VNTR I ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Mai ABS VNTR I ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Nov ABS VNTR I ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Oct AB S VNTR I ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Feb ABS VNTR I ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Jun ABS VNTR II ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Mar ABS VNTR II ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Mar ABS VNTR II ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Jan ABS VNTR II ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Jul ABS VNTR II ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Feb ABS VNTR II ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Jun ABS VNTR II ST- Aucune Aucune Résistance inductible – Apr MAS Unique ST- Aucune Trunc- Aucune Susceptible – Apr MAS VNTR III ST- Trunc- Aucune Susceptible – Fév MAS VNTR III ST- Aucune Trunc- Aucune Susceptible – Nov MAS VNTR III ST- Aucune Trunc- Aucune Susceptible – Jun MAS Unique ST- Non disponible Trunc- None Sensible – Dec BOL Unique Novel ST Rien Rien Rien Résistance inductible Clade de séquence, Les types MLST, les mutations erm et les mutations rrl ont toutes été déduites à partir des données de séquençage du génome Abréviations: ABS, Mycobacterium abscessus subsp abscessus; BOL, Mycobacterium abscessus subsp bolletii; MAS, Mycobacterium abscessus subsp massiliense; MLST, type de séquence multilocus; ST, type de séquence; VNTR, nombre variable de répétitions en tandem Lecture de séquence insuffisante pour déterminer la séquence cladeView Large Des mutations dans les gènes rrl et erm, connus pour causer une résistance antimicrobienne, ont également été examinées. Aucune des souches VNTR I ou VNTR II ne présentait de mutations erm et avait donc un phénotype prédit de Résistance aux macrolides inductibles Toutes les souches M abcessus subsp massiliense présentaient une séquence erm tronquée, aucune mutation rrl associée à la résistance et étaient prédisposées à être des macrolides sensibles. Les souches d’abcès de 4 M avec des profils VNTR uniques ne présentaient aucune mutation rrl associée à la résistance. Prédit la susceptibilité des macrolides Tableau Un arbre phylogénétique généré à partir des rrl et ermséquences a groupé des isolats identiquement aux arbres générés à partir de séquences entières du génome Deux isolats qui n’ont pas produit une profondeur de lecture suffisante pour être inclus dans l’analyse du génome entier ont été inclus dans cet arbre. Figure

DISCUSSION

Les données de séquençage du génome entier ont fourni une base plus précise pour évaluer le degré de similarité génétique entre les isolats et ont confirmé que le profilage VNTR est une méthode précise pour identifier les souches VNTR II acquises. souches génétiquement apparentées Les isolats avec des profils VNTR identiques étaient également du même type MLST et appartenaient au même clade de séquence du génome entier, à l’exception des isolats M abcessus subsp massiliense Figure et Tableau Tous les isolats avec le profil VNTR I ou VNTR II ST – et ST- auraient un phénotype de résistance aux macrolides inductibles Ce sont les types dominants de VNTR dans notre cohorte de patients, et nous avons déjà suggéré un lien avec l’infection chronique De plus, ST- et ST- sont des lignées globales qui semblent avoir des clones réussis En effet, les infections avec des souches qui ont une résistance inductible aux macrolides seraient beaucoup plus difficiles à traiter Cependant, il est possible que d’autres paramètres soient importants, tels que l’expression des facteurs de virulence, la formation de biofilms, l’adaptation au microenvironnement des FC et les interactions hôte-pathogène , qui justifient tous étude complémentaire Il est remarquable de constater que tous les patients ayant acquis M abcessus étaient déjà infectés par P aeruginosa, bien que les raisons ne soient pas claires. Il est possible qu’un traitement antimicrobien plus agressif associé à une infection chronique à P. aeruginosa puisse jouer un rôle; Cependant, le mécanisme précis est encore inconnu et justifie une étude plus approfondie. Les données de séquence génomique globale ont fourni une résolution plus grande que le profil VNTR ou MLST, différenciant les isolats dans chacun des clades Bryant et al ont décrit différents modes de similarité. Le cluster « related » est & lt; SNPs différents En utilisant cette coupure, il n’y a que des clusters avec des isolats de & gt; patient dans nos données Le premier groupe contient des isolats provenant du patient et isoler du patient. Il y avait aussi des séquences a-d de Bryant et al , et nous avons confirmé qu’il s’agissait également d’isolats de patients transférés au service adulte. Les isolats étaient identiques ou virtuellement identiques, différant d’un maximum de SNP chez les patients sur une période d’un an. Les patients avaient beaucoup d’exposition les uns aux autres, en particulier à domicile. La transmission croisée de l’abcès est probable, bien que , le frère aîné a acquis des années M abscessus après le frère cadet Le deuxième groupe contient des isolats de patients et cette étude et Bryant et al , et nous avons confirmé ce patient et sont les mêmes Patients individuels et acquis M abscessus à un moment similaire, après leur premier contact avec notre centre Cependant, les données épidémiologiques de cette étude n’ont montré aucun contact entre ces personnes au sein de l’hôpital. En outre, ils ne fréquentaient pas le même hôpital local, les cliniques de proximité ou l’école et, à notre connaissance, ne se connaissaient pas socialement. Cela suggérait que la transmission croisée entre ces patients était improbable et que ces souches isolées génétiquement par une autre voie Les isolats des patients restants dans cette étude différaient au moins par des SNP, ce qui suggérait en outre que la transmission croisée était rare dans cette cohorte de CF pédiatrique. Cette conclusion a été atteinte précédemment par génotypage d’isolats d’abcès M des FC. Les patients d’un seul centre Cependant, ceci contraste avec une étude récente qui a démontré la propagation interpersonnelle de M abscessus subsp massiliense entre patients adultes FK On ne sait pas encore pourquoi cette différence est vue Il est possible que M abscessus subsp massiliense est plus transmissible, ou que les adultes ont des expositions plus prolongées ou plus intenses ou perdent un plus grand nombre de bactéries dans l’environnement, rendant la transmission plus probable Les différences dans les pratiques de contrôle des infections entre les centres pourraient également expliquer pourquoi nous avons vu peu de preuve de propagation de personne à personne. Une autre voie potentielle d’acquisition de M abscessus est une source environnementale commune. Nous suggérons qu’une meilleure compréhension du rôle de l’environnement dans l’acquisition de l’infection à M abcessus est critique et n’a pas été étudiée de manière adéquate En conclusion, nous n’avons pas pu démontrer la transmission croisée de M abscès au sein de notre hôpital, sauf entre frères et sœurs ayant une exposition intense à l’hôpital et, peut-être plus important encore, à l’environnement familial Deux patients ont été infectés par des souches génétiquement similaires mais sans lien épidémiologique avec le rôle de l’environnement dans l’acquisition de l’infection à l’abcès M nécessite plus d’inve stigmatisation

Données supplémentaires

Les documents supplémentaires sont disponibles à Clinical Infectious Diseases en ligne http: // cidoxfordjournalsorg Les documents supplémentaires sont constitués de données fournies par l’auteur qui sont publiées au profit du lecteur Les documents affichés ne sont pas copiés Le contenu de toutes les données supplémentaires sont de la seule responsabilité des auteurs ou les messages concernant les erreurs doivent être adressés à l’auteur

Remarques

Remerciements Nous remercions l’équipe de Biomedical Scientist, en particulier Donna Powis, pour le traitement expert des échantillons primaires et la purification des isolats de M abscessus; et Dr Jane Turton et Professeur Neil Woodford pour la lecture critique du manuscrit Soutien financier Cette étude a été soutenue par le Centre de recherche biomédicale de l’Institut national de recherche en santé de l’Hôpital Great Ormond Street pour les enfants National Health Service Foundation Trust et University College de Londres. : Aucun conflit signalé Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués