Commentaire éditorial: L’avènement de la réhabilitation du microbiome pour lutter contre la résistance aux antibiotiques

Le CDC estime que plus de millions d’infections aux États-Unis chaque année sont causées par des agents pathogènes résistants aux antibiotiques décrits comme étant urgents, graves et dangereux. Près de la moitié de ces menaces résistantes aux antibiotiques sont des pathogènes associés aux soins de santé et colonisent au moins fréquemment le microbiote intestinal inférieur des patients. Parmi les nombreux facteurs environnementaux et hôtes qui influencent la composition de notre microbiote, le plus important est la réception d’antibiotiques Traitement avec des antibiotiques élimine non seulement les bactéries pathogènes mais aussi bénéfiques, entraînant une perturbation grave du microbiote intestinal pour une période de temps prolongée & gt; mois Cette perte de diversité dans la composition microbienne intestinale expose les individus à un risque accru de résultats médiocres, y compris la colonisation par des agents pathogènes tels que le C difficile et d’autres micro-organismes multirésistants qui peuvent céder leur expansion, leur dominance et leur infection. et bactériémie Parmi les cas d’infection à Clostridium difficile qui surviennent chaque année, il y a une récidive d’infection estimée chaque année Ces dernières années, l’utilisation de la transplantation de microbiote fécale FMT a retenu l’attention. La Food and Drug Administration (FDA) a déterminé que les FMT sont un produit biologique et un médicament, et une application IND de drogue nouvelle expérimentale est nécessaire pour utiliser FMT pour les indications cliniques, à l’exception de la FDA. pour un CDI récurrent pour lequel une application est encouragée mais non requise http: // wwwregulationsgov / #!second FMT Cet échec clinique était corrélé avec un échec de réduction du resistome, avec un manque d’augmentation de la diversité bactérienne ie la diversité des gènes de résistance variait inversement avec la diversité bactérienne et une dominance persistante par Proteobacteria, en particulier Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae. Cependant, l’étude manque d’un groupe témoin récidivant de CDI qui n’a pas reçu de FMT, et on ne peut donc pas évaluer la contribution de la FMT au rétrécissement. En outre, les méthodes actuelles de métagénomique sont incapables de lier un gène de résistance aux antibiotiques à un membre particulier du microbiome et d’identifier ainsi les MDRO potentiellement pathogènes présents. Enfin, la charge des gènes de résistance aux antibiotiques présents dans ces patients et corr Nous ne pouvons pas anticiper les diverses voies d’utilisation future de l’assainissement du microbiome comme moyen de lutter contre la résistance aux antibiotiques. Bien que la FMT utilisant des donneurs sains et dépistés soit largement répandue pratiqué dans le traitement des ICD récurrentes, on peut prévoir un jour possible où le propre microbiome d’un patient est récolté, congelé ou autrement «mis en banque», puis utilisé pour la retransplantation autologue après un traitement ou une intervention perturbant le microbiome . inclure des périodes intenses d’antibiotiques et d’autres expositions perturbatrices du microbiome telles que la transplantation d’organes, la greffe de cellules souches hématopoïétiques ou la chimiothérapie. Cela présuppose évidemment que l’épisode de perturbation microbienne peut être planifié à l’avance et que le patient présente un microbiome de référence intoxication. riche et divers avec un contrat relativement Bien que le donneur FMT reste une option pour les patients dont le microbiome est déjà perturbé, un autre espoir pour l’avenir est le développement de probiotiques avancés, définis Le récent rapport de traitement réussi de CDI multi-récurrentes en utilisant une préparation traitée SER- de spores approximativement anaérobies des donneurs humains est une étape sur la voie du développement de tels probiotiques avancés qui sont définis et obtenus in vitro Pour explorer comment la compréhension du statut du microbiome peut être utilisée pour adapter les décisions de gestion des antibiotiques et de contrôle des infections, et préparer Le CDC travaille à développer des indicateurs standard de désintégration du microbiome. L’objectif est de développer des critères standardisés caractérisant les principaux microbiomes humains commençant par le gros intestin en ce qui concerne leur vulnérabilité à la colonisation par le MDRO et, une fois colonisés, à la domination MDRO qui augmente le risque d’infection ou transmission du MDRO à d’autres patients De plus, ces indices peuvent communiquer le potentiel perturbateur de divers médicaments, y compris les antibiotiques. Les IDM potentiels comprennent les indices de composition de la diversité, la richesse spécifique, la présence ou l’absence d’espèces protectrices et, comme le démontrent Millan et al. En outre, les DMD peuvent comprendre des indices de l’état fonctionnel du microbiome fondés sur une approche métagénomique présumée, à savoir la prédiction des principales voies métaboliques présentes ou une approche métabolomique plus directe, c’est-à-dire la mesure directe des métabolites. Lorsqu’un patient atteint un seuil suggérant une extrême vulnérabilité à la colonisation, des précautions spéciales d’isolement inverse pourraient être mises en place pour prévenir l’acquisition de nouveaux caractères de résistance et de MDRO, tandis que la restauration préventive du microbiome est considérée comme améliorant les indices. Une fois que la colonisation a eu lieu rouge avec un MDRO, des antibiotiques spécifiques qui prédisposent ces patients à un état de MDRO pourraient être évités Et enfin, si la dominance du microbiome par un MDRO spécifique est détectée et que le patient présente un risque accru de transmission du MDRO à un autre patient, isolement spécial des précautions peuvent être prises, ainsi que des mesures pour réduire la souche dominante et restaurer le microbiome dans un état de diversité accrue et une résistance aux antibiotiques plus faible. La priorité actuelle dans le développement de ces DMD est que les études d’histoire naturelle comprennent la dynamique du statut microbiologique. Pendant et entre les hospitalisations Étant donné l’énorme fardeau des maladies comme l’ICD, le problème croissant de la résistance et le manque de thérapies efficaces pour de nombreux MDRO, tous les principaux secteurs du milieu universitaire, de l’industrie et du gouvernement devraient ressentir un sentiment d’urgence. développer et établir le rôle de l’assainissement du microbiome dans l’avenir des soins médicaux et des santé

Remarques

Avis de non-responsabilité Les constatations et les conclusions de ce rapport sont celles des auteurs et ne représentent pas nécessairement celles des Centres de contrôle et de prévention des maladies. Conflits d’intérêts potentiels Les deux auteurs: Aucun conflit signalé Les deux auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits potentiels. Intérêts Les conflits que les éditeurs jugent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués